六角头螺钉有外六角和内六角两种结构。

外六角螺钉的优点包括自锁性好，预紧接触面积大，预紧力大，全牙螺纹长度范围更广，可以存在铰制孔，能够固定零件位置，承受横向力引起的剪切；头部比内六角薄，在有些地方内六角无法替代。缺点是所占空间较大，较为精巧的场合不太适用；不能用于沉头。

内六角螺钉的优点包括便于紧固，不易拆卸，不易滑角，所占空间小，承受的载荷较大；可以埋头处理，可以沉到工件内部，更精巧、美观，不会妨碍其他部件。缺点是接触面积小，预紧力小；超过一定长度没有全螺纹；紧固工具不好配，拧起来容易滑丝，替换不方便；拆卸时要用专业扳手，平时不好拆卸